Các thủ tục kê khai thuế cơ bản

Cập nhật ngày 15/11/2026: bài đã được cập nhật theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, Nghị định 252/2026/NĐ-CP, Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế (cùng hiệu lực từ 01/07/2026), Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC về hóa đơn điện tử, Nghị quyết 198/2025/QH15 (chấm dứt thu lệ phí môn bài từ 01/01/2026).

Những thủ tục cần thiết khi kê khai thuế

Kinh nghiệm kê khai thuế trong công tác kế toán? Một khi bạn đã làm kế toán, chắc chắn việc kê khai thuế là một phần việc không thể bỏ qua công việc kế toán. Để kê khai thuế đúng, bạn cần phải nắm được các thủ tục liên quan đến kê khai thuế. Trước tiên là việc kê khai thuế ban đầu cho Doanh nghiệp mới đi vào hoạt động:

• Đăng ký thuế cùng với đăng ký doanh nghiệp theo cơ chế một cửa liên thông (khoản 2 Điều 10 Luật Quản lý thuế 2025). Mã số của doanh nghiệp là mã số thuế (khoản 2 Điều 11 Luật Quản lý thuế 2025). Với doanh nghiệp đăng ký theo cơ chế này, hồ sơ đăng ký thuế lần đầu là hồ sơ đăng ký doanh nghiệp (khoản 1 Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC); khi thông tin đăng ký thuế được cơ quan thuế tiếp nhận từ cơ quan đăng ký kinh doanh thì doanh nghiệp không phải làm thủ tục đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế (khoản 1 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP). Bài gốc năm 2014 liệt kê giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và giấy chứng nhận đăng ký mã số thuế công chứng; hiện nay giấy tờ gốc của doanh nghiệp là Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
• Thông tin về người đại diện theo pháp luật (giám đốc) và kế toán trưởng dùng số định danh cá nhân, căn cước thay cho chứng minh nhân dân; mã số thuế của cá nhân là số định danh cá nhân được cấp theo pháp luật về căn cước (khoản 1 Điều 11 Luật Quản lý thuế 2025).
• Quyết định bổ nhiệm giám đốc, kế toán trưởng và hợp đồng thuê, mượn địa chỉ trụ sở là hồ sơ nội bộ của doanh nghiệp, nên lưu để xuất trình khi cơ quan nhà nước yêu cầu.
• Tờ khai thuế môn bài: lệ phí môn bài chấm dứt thu từ ngày 01/01/2026 (khoản 7 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15), nên doanh nghiệp không còn phải khai, nộp lệ phí môn bài từ năm 2026.
• Xác định chính sách kế toán: chế độ kế toán áp dụng (Thông tư 99/2025/TT-BTC hoặc Thông tư 133/2016/TT-BTC), hình thức ghi sổ, phương pháp tính giá xuất kho, phương pháp trích khấu hao TSCĐ. Doanh nghiệp nhỏ và vừa chọn áp dụng chế độ kế toán doanh nghiệp thay cho Thông tư 133 thì phải thông báo cho cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp và thực hiện nhất quán trong năm tài chính (khoản 1 Điều 3 Thông tư 133/2016/TT-BTC).

Sau khi có Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (đồng thời đã đăng ký thuế), doanh nghiệp thực hiện tiếp các thủ tục sau với cơ quan thuế:

• Giao dịch thuế điện tử: người nộp thuế đăng nhập Cổng Dịch vụ công quốc gia bằng tài khoản định danh điện tử mức độ 02 để giao dịch thuế điện tử; hoặc đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế theo mẫu số 01/ĐK-TĐT, hoặc qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN (Điều 13 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
• Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC (nội dung đăng ký theo mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT; đăng ký thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử; trường hợp dùng hóa đơn có mã của cơ quan thuế được miễn phí dịch vụ hoặc doanh nghiệp kết nối gửi dữ liệu trực tiếp thì đăng ký qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc Cổng Dịch vụ công quốc gia, theo khoản 1 Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC). Tổ chức kinh tế sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, trừ các trường hợp thuộc điểm b, điểm c khoản 1 Điều 6 Nghị định 254/2026/NĐ-CP.

Như vậy, việc doanh nghiệp đến Chi cục thuế làm thủ tục lần đầu rồi in, đặt in “hóa đơn đỏ” (hóa đơn tự in hoặc đặt in) như bài gốc mô tả không còn là cách làm thông thường: hiện nay doanh nghiệp đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử, hóa đơn đặt in của cơ quan thuế đã hết giá trị sử dụng từ 01/07/2026 (khoản 3 Điều 44 Nghị định 254/2026/NĐ-CP).

Sau khi hoàn thành thủ tục đăng ký với cơ quan thuế thì doanh nghiệp phải xây dựng thang lương, bảng lương và định mức lao động, công bố công khai tại nơi làm việc trước khi thực hiện (Điều 93 Bộ luật Lao động 2019); khai trình việc sử dụng lao động trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày bắt đầu hoạt động với cơ quan chuyên môn về lao động thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và thông báo cho cơ quan bảo hiểm xã hội (khoản 2 Điều 12 Bộ luật Lao động 2019); đồng thời làm hồ sơ đăng ký tham gia bảo hiểm xã hội cho người lao động trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày người lao động thuộc đối tượng tham gia bảo hiểm xã hội bắt buộc (khoản 1 Điều 28 Luật Bảo hiểm xã hội 2024).

Nắm rõ các thủ tục kê khai thuế cơ bản nhất mà hàng tháng doanh nghiệp phải thực hiện

Các công việc gồm:

• Hoàn chỉnh hồ sơ kê khai các loại thuế Giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân thường xuyên, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có), thuế tài nguyên (nếu có) bao gồm: Tờ khai thuế và các giấy tờ liên quan theo quy định (Thông tư 89/2026/TT-BTC: Điều 19 thuế GTGT, Điều 20 thuế tiêu thụ đặc biệt, Điều 22 thuế TNCN, Điều 23 thuế tài nguyên). Kỳ khai thuế GTGT là theo tháng; người nộp thuế có tổng doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của năm trước liền kề từ 50 tỷ đồng trở xuống được lựa chọn khai theo quý, người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh cũng được lựa chọn khai theo quý (khoản 1 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Thuế TNCN đối với tiền lương, tiền công do doanh nghiệp khấu trừ khai theo quý và quyết toán năm (điểm a khoản 1 Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC). Thuế TNDN tạm nộp theo quý, quyết toán năm và không có tờ khai quý (Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC).
• Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn (BC26) là báo cáo theo Thông tư 39/2014/TT-BTC, văn bản này đã hết hiệu lực từ ngày 01/07/2022 nên không còn là việc phải làm hằng tháng như bài gốc mô tả.
• Nộp lên cơ quan thuế theo đúng thời hạn quy định (thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tại Điều 10 Nghị định 252/2026/NĐ-CP)

Lưu ý đối với việc kê khai thuế khi thay đổi thông tin đăng ký thuế

• Doanh nghiệp đăng ký thuế cùng đăng ký doanh nghiệp thì thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế cùng với việc thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp (điểm a khoản 1 Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC).
• Người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế thì thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh thông tin thay đổi (điểm e.1 khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP).
• Thông qua Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST (Thông tư 90/2026/TT-BTC).

Bài viết và khoá học liên quan

• Hướng dẫn thủ tục kê khai thuế ban đầu
• Hướng dẫn kê khai thuế, nộp thuế Giá trị gia tăng
• Các Quy Định Chung Về Khai Và Tính Thuế Môn Bài Phải Nộp
• Khóa học Kế toán thuế thực hành – kê khai thuế